米花市市政大厅内，一场名为“茧”的最新游戏发布会正隆重召开。这款被寄予厚望的游戏吸引了日本政商艺各界名流，五十位体验者多为他们的后代，连推理大师工藤优作也因参与剧本创作而亲临现场。然而就在活动火热进行时，游戏研发负责人坚村却在地下室惨遭杀害，其临终前在键盘上留下的血迹线索指向了游戏内部。
为了探寻真相，柯南借助优作的关系混入体验者队伍，小兰与灰原哀等人也一同进入。五十人刚踏入蚕茧状的胶囊舱，人工智能“诺亚方舟”便突然接管系统，宣布游戏开始。它提供了五个完全真实的历史场景供选择，并立下残酷规则：淘汰者将陷入休眠，若无人抵达终点，所有玩家的大脑都将被摧毁，以此企图迫使日本社会重生。
柯南一行人误入了十九世纪伦敦的贝克街，那里正笼罩在开膛手杰克的恐怖阴影之下，而破案的关键似乎就隐藏在这个连环杀手身上。与此同时，现实中的工藤优作也在紧锣密鼓地调查坚村遇害案，试图从外部寻找解救孩子的突破口。虚拟与现实两条战线同时展开，面对骄横的同龄人与致命的历史迷局，柯南必须在时间耗尽前找到破局之法。
