八国联军攻陷北京，朝廷仓皇出逃，举国陷入前所未有的动荡之中。武学宗师黄飞鸿携父亲黄麒英、十四姨及徒弟梁宽、鬼脚七等人南下番禺，意图与在此等候的十三姨、猪肉荣和牙擦苏汇合。一行人途经南粤米仓时，因担心海盗劫粮而与当地护粮队伍产生误会，双方随即展开激烈交手。
在这场不打不相识的冲突后，黄飞鸿协助众人将盗米贼扭送官府，却意外揭开了一个令人震惊的真相。原来指使盗米的竟是差役领班谢四，只因南海海盗趁乱肆虐，番禺早已无官统制，差役们被迫靠偷盗维持生计。感念谢四等人的忠义与无奈，黄飞鸿毅然放弃原本赴港的计划，决定留下来守护这片土地。
面对单眼英、张玉麟、张保仔等猖獗的海盗势力，黄飞鸿率领众弟子与当地义士展开了连场惊心动魄的搏杀。作为徐克执导的黄飞鸿系列第五部作品，影片在乱世背景下展现了家国情怀与侠义精神的激烈碰撞。这群英雄在枪炮与刀光剑影中，用血肉之躯筑起了一道抵御外侮的坚固防线。
